Das Wuppertal Institut für Klima, Umwelt, Energie ist als gemeinnützige GmbH (Amtsgericht Wuppertal HRB 7619) im Verantwortungsbereich des Ministeriums für Innovation, Wissenschaft und Forschung des Landes Nordrhein-Westfalen angesiedelt. Vorsitzender des Aufsichtsrats ist Staatssekretär Dr. Thomas Grünewald.

Zur Geschäftsleitung gehören der Präsident (wissenschaftlicher Geschäftsführer), der Vizepräsident (Prokurist) und die kaufmännische Geschäftsführerin.

Der Internationale Wissenschaftliche Beirat steht für die Unabhängigkeit der Forschung und wissenschaftliche Qualität der Arbeiten des Instituts. Er evaluiert die jährliche Forschungsplanung, die anschließend vom Aufsichtsrat beschlossen wird.

Am Wuppertal Institut koordiniert die AG Nachhaltigkeitsmanagement die Aktivitäten in diesem Bereich. Geschäftsführung und Aufsichtsrat erstellen regelmäßig Bericht über die Corporate Governance den Public Corporate Governance Kodex des Landes NRW (PCGK).

Die Vereinigung der Freunde des Wuppertal Instituts e.V. ist ein gemeinnütziger Zusammenschluss von Personen, die sich den Zielen und Inhalten des Instituts verbunden fühlen und seine Aktivitäten vielfältig unterstützen.