Das Wuppertal Institut für Klima, Umwelt, Energie ist als gemeinnützige GmbH (Amtsgericht Wuppertal HRB 7619) im Verantwortungsbereich des Ministeriums für Wirtschaft, Industrie, Klimaschutz und Energie des Landes Nordrhein-Westfalen angesiedelt.

Zur Institutsleitung gehören der wissenschaftliche Geschäftsführer und der kaufmännische Geschäftsführer.

Der Internationale Wissenschaftliche Beirat steht für die Unabhängigkeit der Forschung und wissenschaftliche Qualität der Arbeiten des Instituts. Er evaluiert die jährliche Forschungsplanung, die anschließend vom Aufsichtsrat beschlossen wird.

Am Wuppertal Institut koordiniert die AG Nachhaltigkeitsmanagement die Aktivitäten in diesem Bereich. Geschäftsführung und Aufsichtsrat erstellen regelmäßig Bericht über die Corporate Governance den Public Corporate Governance Kodex des Landes NRW (PCGK).

Die Gleichstellungsbeauftragte kümmert sich am Wuppertal Institut um den Bereich Gleichstellung und Diversität. Sie berichtet an die Geschäftsführung. Die Gleichstellungsbeauftragte ist dafür zuständig, das Wuppertal Institut dabei zu unterstützen, die Gleichstellung von Frau und Mann gewährleisten zu können. Ziel ist es, die Gleichberechtigung, Gleichbehandlung und Chancengleichheit von allen Beschäftigten in Bezug auf Geschlecht und Diversität für das Wuppertal Institut außerhalb des Instituts und auch intern zu fördern und zu sichern.

Die Vereinigung der Freunde des Wuppertal Instituts e.V. ist ein gemeinnütziger Zusammenschluss von Personen, die sich den Zielen und Inhalten des Instituts verbunden fühlen und seine Aktivitäten vielfältig unterstützen.