Am Wuppertal Institut arbeiten über 300 Mitarbeitende. Davon gehört die Mehrheit dem wissenschaftlichen Personal an, das sich aus unterschiedlichen wissenschaftlichen Disziplinen zusammensetzt.
Das Spektrum erstreckt sich über Natur- und Umweltwissenschaften, Geographie, Systemwissenschaften, Ingenieurwissenschaften, Planungswissenschaften, Politik- und Wirtschaftswissenschaften sowie Sozialwissenschaften. In der Belegschaft gibt es etwa gleich viele Frauen wie Männer.
Das Wuppertal Institut wird durch eine zweiköpfige Institutsleitung, bestehend aus einem Präsident und wissenschaftlichen Geschäftsführer, Prof. Dr.-Ing. Manfred Fischedick, sowie einem kaufmännischen Geschäftsführer, Michael Dedek, geleitet.
Die wissenschaftliche Arbeit des Instituts erfolgt im Wesentlichen in den Abteilungen Zukünftige Energie- und Industriesysteme, Energie-, Verkehrs- und Klimapolitik, Nachhaltiges Produzieren und Konsumieren und Kreislaufwirtschaft. Die Abteilungen sind in 15 Forschungsbereiche unterteilt. Wissenschaftliche Geschäftsführung und Abteilungen werden durch den in der Institutsleitung angesiedelten Stab "Strategieentwicklung und Forschungskoordination" in ihrer Arbeit unterstützt. Ein Büro in Berlin verstärkt als Außenstelle des Wuppertal Instituts die wissenschaftliche Politikberatung und die Akquisitionskapazität in der Bundeshauptstadt.
Alle Forschungseinheiten werden durch die Administration, die Abteilung Information und Kommunikation und studentische sowie wissenschaftliche Hilfskräfte unterstützt. Das Kommunikationsteam verbreitet die Forschungsergebnisse.
Zahlreiche Dissertationen, Master- und Bachelorarbeiten werden in Kooperation mit Universitäten und Hochschulen durch das Wuppertal Institut betreut. Die wissenschaftliche Arbeit wird darüber hinaus durch ein globales Netzwerk von Kooperationspartner*innen und freien Mitarbeitenden getragen.
Ein Betriebsrat vertritt die Belegschaft. Zwei Gleichstellungsbeauftragte unterstützen das Wuppertal Institut dabei die Gleichberechtigung, Gleichbehandlung und Chancengleichheit von allen Beschäftigten in Bezug auf Geschlecht und Diversität zu gewährleisten und zu fördern.
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